Osnovan 1946., svoj javni život Gradski muzej Vukovar ostvario je dvije godine kasnije, kada je u zgradi Diližansne pošte otvoren prvi stalni postav, a javnosti predstavljena donacija stilskoga namještaja, starog oružja, predmeta umjetničkoga obrta, rimskoga novca i slika hrvatskih umjetnika, koje je svome gradu darovao Vukovarac dr. Antun Bauer sa suprugom Antonijom.
Novom velikom donacijom likovnih djela istaknula se Zbirka Bauer, otvorena 1966. prvim stalnim postavom kojim su javnosti predstavljena najznačajnija imena hrvatske moderne umjetnosti s naglaskom na razdoblje između dvaju svjetskih ratova. Iste godine zavičajne zbirke Gradskoga muzeja izdvojile su se i nastavile svoje djelovanje u dvorcu grofovske obitelji Eltz, jednome od najljepših arhitektonskih objekata iz razdoblja baroka u Slavoniji. U sljedećih nekoliko godina u novome stalnom postavu u 24 sobe bio je izložen najvrjedniji izbor iz fundusa arheološke, povijesne i etnografske građe, najvećim dijelom sakupljene također darivanjem sugrađana. Gradskomu muzeju u dvorcu Eltz, Zbirci Bauer i Galeriji umjetnina u zgradi Diližansne pošte, Muzeju novije povijesti u zgradi Radničkoga doma, pridružio se i novi muzej nastao donacijom Vukovarca Lavoslava Ružičke, dobitnika Nobelove nagrade za kemiju 1939., otvoren u njegovoj rodnoj kući 1997., godinu dana nakon njegove smrti.
Tijekom agresije na Hrvatsku 1991. Vukovar je doživio strahovita razaranja, u kojima su uz mnogobrojne žrtve, zatvaranja i logore, stradali i spomenici kulture i muzejske zgrade, dok je muzejska građa dijelom uništena u ratnim razaranjima, a dijelom odvezena u Srbiju. Muzej je nastavio djelovati u progonstvu u Zagrebu, prvo u Muzejskom dokumentacijskom centru, a potom u Muzeju Mimara, sudjelujući s drugim muzejima, galerijama i arhivima u traganju i sakupljanju dokumenata prošlosti te u nizu aktivnosti kojima je bio zadatak skrenuti pozornost na vrijednost kulturne baštine Vukovara.
U tom su razdoblju građu s vukovarskoga područja koja se nalazila u njihovim zbirkama izlagali Arheološki muzej u Zagrebu izložbom nalaza sa ranosrednjovjekovnoga lokaliteta Lijeva bara te Etnografski muzej u Zagrebu izlaganjem rekonstruiranih narodnih nošnji, koje su u organizaciji Posudionice i radionice narodnih nošnji po sjećanju izradile prognanice iz Bapske. Tada je, na poticaj Gradskoga muzeja Vukovar, nastala nova zbirka donacija narodnih nošnji svih hrvatskih županija pod nazivom Ruho opstojnosti, potpore i nade, simbolizirajući zajedništvo svih hrvatskih krajeva u obrani Vukovara, ali i u prihvatu prognanih Vukovaraca.
Gradski muzej Vukovar vratio se u Vukovar kada je započeo proces mirne reintegracije hrvatskoga Podunavlja. Svoje djelovanje ondje započeo je 27. svibnja 1998., prije točno 20 godina, u razrušenom dvorcu Eltz, iznalazeći načine da, u nemogućim okolnostima povratka, srušenoga grada i razorenih ljudskih sudbina, udahne život ubijenom prostoru, organizirajući niz aktivnosti kojima je osnovni cilj bio okupiti sve ljude dobre volje da zajedno s Vukovarcima povratnicima sudjeluju u kulturnoj i duhovnoj obnovi grada.
U tom razdoblju Muzej je inicirao i formirao manifestacije koje su danas već tradicionalne: Vukovarski festival komorne glazbe na kojem su pod vodstvom pijanistice Vlaste Gyura nastupili mnogobrojni hrvatski i europski glazbenici, likovnu manifestaciju Nebo nad Vukovarom, Memorijal Stjepana Petrovića u spomen na voditelja Zbirke Bauer, zarobljenoga u bolnici, a potom pogubljenoga na Ovčari, u sklopu kojega su u deset godina predstavljani mladi tek diplomirani umjetnici. Muzej je organizirao stotine povijesnih, etnografskih i likovnih izložbi, promocija, stručnih skupova, kao i koncertnih večeri na kojima je sudjelovao niz solista i ansambala, među kojima Zagrebačka filharmonija zauzima posebno mjesto. Muzej je 1998. pokrenuo Vukovarske adventske svečanosti. Realizirane su i dvije velike likovne manifestacije koje je pokrenuo akademski slikar Dubravko Adamović zajedno s Hrvatskim društvom likovnih umjetnika: U susret Vukovarskom salonu 2001., te Prvi Vukovarski salon 2006.
Desetogodišnji proces složenih aktivnosti povrata umjetnina vodilo je Ministarstvo kulture Republike Hrvatske. U Mramornom predvorju dvorca Eltz 13. prosinca 2001. potpisan je Protokol o povratu umjetnina. Uz nazočnost gradskih uglednika, muzealaca, a putem medija i cjelokupne hrvatske javnosti u ime Ministarstva kulture potpisala ga je mr. sc. Branka Šulc, pomoćnica ministra. Taj je događaj za Hrvatsku bio iznimno važan, a za grad Vukovar svakako jedan od najvažnijih. Vraćena povijesna građa, umjetničke zbirke, kao i predmeti s arheološkoga nalazišta Vučedol bili su odmah dijelom izloženi javnosti, a započeo je i proces restauriranja vraćenih umjetnina kao dio priprema za budući stalni postav. Stručna skupina koju je imenovalo Ministarstvo kulture Republike Hrvatske preuzela je složen zadatak obnove dvorca Eltz, a u nju su se uz muzealce Gradskoga muzeja uključili konzervatori, restauratori, arhitekti, stručnjaci različitih profila kao i muzealci iz drugih muzeja i galerija.
Ponovnim pokretanjem sustavnih interdisciplinarnih arheoloških istraživanja svjetski poznatoga nalazišta Vučedol, 2001. stvoreni su uvjeti za realizaciju projekta pokrenutoga 1984. za izgradnju Arheološkoga parka i Muzeja vučedolske kulture, što je djelomično i ostvareno 2014. otvaranjem muzeja.
Jedna od najznačajnijih i najzapaženijih akcija oživljavanja muzeja je prikupljanje likovnih djela umjetnika iz Hrvatske i inozemstva u zbirku pod nazivom Muzej Vukovara u progonstvu, koju je 1992. inicirao i svojom donacijom umjetničkih djela pokrenuo mr. sc. Božo Biškupić. Kao rezultat akcije slijedile su dvije izložbe 1993. Prva izložba donacija likovnih umjetnika Hrvatske za Muzej Vukovara u progonstvu održana je u Muzeju Mimara, gdje je bilo izloženo 110 slika i skulptura, a druga, održana 18. svibnja u povodu Međunarodnoga dana muzeja, bila je izložba donacija likovnih umjetnika za Grafičku zbirku Muzeja Vukovara u progonstvu, gdje su bila izložena 543 grafička lista.
Zbirka danas sadržava 1565 djela hrvatskih likovnih umjetnika kojima su se pridružili umjetnici iz Francuske, Austrije, Italije, Njemačke, Poljske, Izraela, Kanade i drugih zemalja. Nakon godinu i pol izlaganja u Muzeju Mimara, izložba Zbirke predstavljena je u Splitu, Dubrovniku, Zadru, Šibeniku, Makarskoj, Sinju, Dubrovniku, Rijeci, Puli, Đakovu, Osijeku i Vinkovcima te ponovno u Zagrebu, izborom radova u prigodi obilježavanja 50. obljetnice Opće deklaracije o ljudskim pravima UN-a u Muzeju Mimara. U Vukovaru je Zbirka prvi put izložena 1999. u povodu održavanja Konferencije Zajednice zemalja podunavskih regija.
Izložbom 22 za budućnost Vukovara, otvorenom 2002. u Muzeju suvremene umjetnosti u Zagrebu, Zbirci je priključena donacija od 168 umjetnina, koje su na zamolbu Bože Biškupića i na poziv talijanskoga umjetnika Getulija Alvianija Vukovaru darovala 22 umjetnika iz 11 europskih zemalja.
Izložbom zbirke Muzej Vukovara u progonstvu izložit će se tek dio ovoga bogatog fundusa. Stalni postav i organizacija prostora stoga su i zamišljeni da budu mjesto izlaganja tematskih ili autorskih cjelina Zbirke, ali i mjesto prihvata izložbenih projekata drugih muzeja i galerija, što je i u podlozi svih nastojanja i usmjerenja Muzeja da učvrsti putove suradnje u predstavljanju baštine, ali i suvremenoga kulturnog trenutka Hrvatske i Europe.
Priča o Gradskome muzeju Vukovar, njegovu nastajanju i opstanku usprkos svim mijenama tijekom 70 godina koliko djeluje kao čuvar memorije grada, još ni izdaleka nije ispričana. Nakon otvaranja stalnoga postava u dvorcu Eltz – prve faze 25. siječnja 2013., druge faze 23. siječnja 2014. te stalnoga postava Zbirke Bauer 14. siječnja 2017. – izložbom donacija likovnih djela umjetnika, ustanova i pojedinaca Muzej Vukovara u progonstvu predstavljamo ujedno i završnu fazu prezentacije muzejskih zbirki Gradskoga muzeja Vukovar, realizirane u sklopu projekta Vlade Republike Hrvatske, koji pod nazivom »Obnova i revitalizacija kulturne baštine Ilok–Vukovar–Vučedol« provodi Ministarstvo kulture Republike Hrvatske.
Uz zahvale svima koji su svojim aktivnostima, potporom, kreativnošću i duhovnim izričajem sudjelovali u tom procesu upućujem i posebnu zahvalu mr. sc. Boži Biškupiću, koji je kao ministar kulture i predsjednik Stožera za obnovu kulturne baštine grada Vukovara vodio niz aktivnosti usmjerenih obnovi Gradskoga muzej Vukovar i cjelokupne vukovarske baštine, kao i mr. sc. Branki Šulc, voditeljici projekta povrata kulturnih dobara Gradskoga muzeja Vukovar, Zbirke Bauer, kao i knjižnice raritetnih izdanja Franjevačkoga samostana u Vukovaru, otuđenih tijekom Domovinskoga rata.
Ružica Marić, prof., ravnateljica Gradskoga muzeja Vukovar